A CDA constitui o sistema público executivo de defesa agropecuária em São Paulo.
Sua atuação tem por finalidade garantir a sanidade e a qualidade nas cadeias produtivas do setor agropecuário paulista para aumentar a sua competitividade nos mercados nacional e internacional e contribuir para a proteção do meio ambiente, da saúde pública e do desenvolvimento econômico e social
Adota um conjunto de ações capaz de eliminar, diminuir ou prevenir riscos à saúde dos rebanhos animais e das culturas vegetais e, de intervir nos problemas sanitários decorrentes do meio ambiente, da produção e circulação de bens e da prestação de serviços, os quais possam contribuir ou determinar perdas sociais e/ou econômicas (como por exemplo, a desvalorização do patrimônio animal ou vegetal).
As atividades relativas à sua atuação são organizadas de forma a garantir o cumprimento das legislações vigentes, federais e estaduais, que tratam da defesa agropecuária e dos compromissos internacionais firmados pela União.
A CDA atua, prioritariamente, na erradicação das doenças e pragas, na estratégia de obtenção de áreas livres.
Os Programas atualmente em execução na CDA estão organizados em cinco grandes áreas:
Conservação e preservação do solo
Idoneidade dos insumos e serviços utilizados na agropecuária